阿尔巴尼亚海关总署隶属于财政和经济部。1992年8月，阿尔巴尼亚加入世界海关组织（WCO）。根据欧盟相关海关规则制定的阿尔巴尼亚新《海关法》（第102/2014号法）于2014年8月份颁布，全部条款均已生效，自2017年6月1日起实施。
阿尔巴尼亚海关参考世界海关组织（WCO）的协调制编码和欧盟的商品编码制度。据世界贸易组织（WTO）数据，2021年阿尔巴尼亚进口平均实施税率为3.6%，其中农产品为7.7%，非农产品为3.0%。
阿尔巴尼亚对中欧自由贸易协定成员国（CEFTA）、欧洲自由贸易联盟成员国（EFTA）、欧盟成员国和土耳其执行优惠进口关税政策，如对规定的工业制品实行零关税、对农产品关税税率按相关协议执行等。
为了促进出口，减少贸易逆差，阿尔巴尼亚基本实行开放式进出口制度，同国际规
则保持一致。除关税外，进口还征收增值税，增值税税率普遍为20%，某些商品如烟草、酒精饮料、燃料等还征收消费税。
2013年，阿尔巴尼亚政府修改《海关法实施细则》，企业可通过申请，与阿尔巴尼
亚海关总署签订协议，在海关正常工作时间外，获得24小时清关服务。