《海关法》是埃及海关管理的主要法律。埃及政府于1963年颁布《海关法》（66号法），1986年实施《关税免税法》（186号法），2020年整合上述两部法律并进行修订后，实施新《海关法》（207号法）。新法旨在鼓励外商投资，减并简化国际贸易和清关流程规则，促进清关程序标准化，提高关税退税环节工作效率。此外，新法还明确违法行为的处罚措施，并要求实行清关后审计流程。
埃及财政部是关税政策制定机构，其下属的海关总署是关税政策执行机构。海关总署设有关税高级理事会，主要任务是根据本国政治和经济发展的需要，讨论并制定相应的关税税率及执行方案。埃及海关采用国际上通用的“协调海关税则制”。在关税的制定上，政府还分别考虑鼓励发展本国产业和保护新兴产业的不同政策。
2008年4月，埃及加入《京都公约》，促进埃及通关手续与世界海关组织标准接轨。2009年11月，中埃两国海关签署《海关行政互助协定》。