管理制度：爱沙尼亚一贯奉行自由贸易政策，基本不存在贸易管制，海关税率也比较优惠。2004年5月1日加入欧盟后，爱沙尼亚执行欧盟的贸易管理制度和海关管理规定。
关税税率：海关税率与欧盟一致，平均关税为5.5%。
海关手续费：法人每次报关的海关手续费为7欧元，这也是国家固定收费标准。
2021年税收修正案：根据欧盟范围内的税收修正案，从2021年7月1日起，所有来自第三国的货物都必须申报并缴纳增值税，超过150欧元的商品须加征关税。
爱沙尼亚作为欧盟成员国，执行欧盟统一关税制度。关税税则表中主要包含以下五类关税率：