巴拉圭海关可以检查交通工具、货物、人员、仓库、办公室及商业场所。当有违背海关规定的行为发生时，海关可依法扣留和截获货物，以及运输工具和运输单位及国际交通相关的商业单据等。
海关当局负责接管货物的出入境管制，临时进口商必须保留会计记录，必须定期提交按相关规定要求提交的信息。
巴拉圭在进口方面要求的相关文件包括商业发票、原产地证明和载货清单等，需经巴拉圭驻原产国领馆认证，或巴拉圭外交部认证，后者会收取相应费用。
巴拉圭要求所有境内运营的公司都要通过报关代理人办理海关手续。报关代理人的相关费用由巴拉圭法律确定。