莱索托作为南部非洲关税同盟（SACU）成员国，其海关监管工作和南非海关协调一致，双方签有联合协作协定，和南非海关配合执行海关监管制度。货物通过南非海关转口到莱索托后，双方有关关税、反倾销条例、非关税壁垒等监管法规是一致的。
莱索托关税计征制度执行南部非洲关税同盟规定，现行关税法于1982年颁布，1988年进行了部分修改。莱索托为南部非洲关税同盟成员，其进口商品税率和其他同盟国相同。
南部非洲关税同盟成员国之间相互进出口货物免征进口关税。成员国对从关税同盟区以外进口的货物征收统一关税，关税在进口货物抵达的第一个口岸征收。
关税的征收采取从价税计算。海关依据货物交易的价值估价，其价格是进口商实际支付的货物价格加上发生的特定费用和成本。此外，还可以采用以下几种方式估价：
海关估价可以依据FOB价格，也可以依据CIF价格。平均关税税率为12%。
在莱索托投资办厂，生产设备和原材料免关税。根据莱索托关税法案，进口商品根据不同的商品种类按不同的税率征税。
大多数进口货物在征收关税后还要附加征收15%的增值税。但如果进口的货物是用于加工生产后再出口，则可以免交加征的增值税。
当进口货物的FOB售价低于其国内价值时，可对该进口货物征收反倾销税。反倾销决定一般由南非贸工部作出，莱索托照单执行。
对进口用于加工再出口的货物，采取先征后返的办法，即在最终加工产品出口后，生产者可以申请返还进口货物时缴纳的关税，但生产者必须提供证明进口货物是用于加工再出口的有关文件。
对进口货物加工企业，莱索托允许建立保税仓库。进口加工企业把进口货物先存放在保税仓库，海关进行严格监督，只有货物进入国内消费时才征收关税。
注：以上信息基于莱索托税务局及南部非洲关税同盟官方资料整理。具体税率及规定请以官网最新公告为准。莱索托作为SACU成员国，关税政策与南非、博茨瓦纳、斯威士兰、纳米比亚保持一致。